鎌倉幕府が出来るまで、基本的には、天皇を中心とした朝廷が政治を行い、天皇の血筋の貴族が役人の仕事をしていました。しかし、平安時代後半から鎌倉幕府になると、今まで天皇や貴族がやっていたものを幕府、つまり武士たちが入ってきたのです。
農地を耕して、税金となる作物を治めるのは地方役人である国司に収めますが、鎌倉幕府が出来ると、地頭、という幕府が任命した人たちの力が強まります。地頭は武士ですから、治安維持のための警察的な役割をしつつ、徴税業務も行いました。
本来の立ち位置としては、地頭より国司の方が上で、地頭が管理してかき集めた税を国司に収める構造だったものの、幕府の立場から考えると、国司に入った税は天皇家にいく。天皇家が力を付けたら後白河法皇の様に幕府を潰そうとするかもしれないという事で、天皇家の権力を弱め地頭、幕府の力を強めようとする動きになるのが自然です。
地頭の立場から考えると、地頭は、幕府に任命されているので幕府が軍のためにコメが欲しいと言ったら出さなければいけません。国司がいると、幕府にも国司にも両方に出さなければいけないので「国司は邪魔だな」と思ったのではないかと思います。
幕府の力が強くなっていますので、地頭が取り立てた税を国司に納めなかったりとか、この土地は、幕府直轄地です、と言って、国司に支払う税を失くしたりという事が起こっていた様です。また、対立が起こっても、裁判的なものは幕府がやりましたから、どうにも国司は不利益をこうむっていたのだと思います。また現場で地頭がちょっと強引なことをしても地頭は武士ですから武力を使って制圧する事が出来ました。
国司と地頭の対立が起こった時、妥協案で、半分は国司の管理、半分は地頭の管理にしましょう、となったり、一定額納めれば後は地頭の取り分にしていいですよ、という風にしました。
この後、後鳥羽上皇が幕府を倒そうとして、負けて、公領と言われる天皇家の土地をたくさん奪われて幕府がますます力をつけていくことになります。
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